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在线编程目前有两种实现方法：在系统编程（ISP）和在应用编程（IAP）。ISP一般是通过单片机专用的串行口对内部的整个Flash存储器进行编程,而IAP技术是从结构上将Flash存储器分为两个部分,当运行一个存储体上的用户程序时,可对另一个存储体重新编程,之后将控制从一个存储体转向另一个。而IAP的实现更加灵活：通常可利用单片机的串口，网口，USB等接口在线编程，从而实现代码的远程升级。
有些用户希望产品在实际应用期间能够通过某种远程通信方式自动地更新程序内容，显然ISP已经无法满足这样的需求了。新出现的IAP烧录方式为程序的自我更新提供了有效手段。单片机内部的Flash存储器保存有用户的程序代码，这些代码在正常运行期间是不能被修改的。但是有了IAP，用户程序就能够根据需要（满足某种条件）自行修改部分甚至全部程序代码。新的程序代码可能是程序在运行过程中自动生成的，也可能来自于远程设备。
Boot代码必须通过其它手段，如JTAG或ISP烧入；APP代码可以使用Boot代码的IAP功能烧入，以后就可以方便地利用IAP功能更新代码了。
这两部分代码存放在FLASH的不同地址范围，一般从最低地址区开始存放Bootloader，紧跟其后的就是APP程序（注意，如果FLASH容量足够，是可以设计很多APP程序的）。
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