就通信方式讨论：（以下不论ARM核\嵌入式\低端\高端均称为单片机）
单片机间通信可用UART或SPI串口通信，UART适合速率不高，为了兼容低端单片机的场合。SPI比较通用，而且速率可高至单片机核心时钟的1/4（但单片机IO速率低的要注意不能超过单片机IO速率）。高端单片机，如STM32F103系列，带有DMA，可减轻CPU负担。
单片机与PC通信，一般用串口或USB接口。串口或用MAX232芯片与PC串口相连，或用USB转UART芯片（PL2302等）桥接。USB口需单片机带USB接口模块，或USB桥接芯片，或用软件模拟（仅业余使用，商品或工业使用不推荐）。
就USB接口讨论：
单片机所带USB接口多为device接口，很少有host接口。单片机与PC相连，单片机一般做device角色。
STM32部分型号带有USB接口。USB接口使用一般是先配置USB属性，诸如设备类别，VID（供应商ID（特别说明，需要向usb协会申请购买）） PID（产品识别码），显示名称，供电属性等等信息。
配置好的USB，方可被计算机识别。
USB通信一般只能由PC向USB设备发起，有命令，批量读取，批量写入等操作。一般情形是通过命令进行简单的控制或确定写入或读取地址，然后通过批量读写传输数据。
一般USB设备开发，都需要编写上位机驱动。除非做成 USB HID 类协议，因为操作系统一般是带有HID驱动的，但缺点很明显，HID协议较复杂，且传输速率低。
上位机也要经过枚举设备，选择设备，打开设备等等一系列复杂操作。
区别：单片机间通信一般需自定协议，相对自由；单片机与上位机通信一般依靠现有协议，然后自定需要的功能协议。
单片机间通信机动性高，可利用中断等特性，非恶劣环境一般不需复杂控制可保证正常工作。
与上位机通信，一般受上位机等复杂环境影响，需考虑的方面比较多。
写到这才想起来。。楼主说的单片机间通信是近距离通信还是远距离通信？。。。我按照在同一设备内考虑的。若是较远距离，一般速率做不高，依靠485协议，或CAN协议等，甚至有的直接将通信放到局域网环境上。未见单片机间通过USB协议通信的，因为USB OTG实现很复杂。
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